Estudió cine en la ciudad de Nueva York en el año de 1999, a su regreso inauguró la escuela de cine y centro de producción Solaris en la ciudad de Morelia, Michoacán, México, la cual dirige en la actualidad y en donde se han producido mas de cien cortometrajes. Personalmente ha dirigido diez cortometrajes y documentales. Con su película Clandestino obtuvo “El Ojo” en la sexta edición del Festival Internacional de Cine de Morelia como mejor largometraje documental en la sección michoacana. En el año 2008 Juan Pablo Arroyo cursó el Master en Dirección Cinematográfica en la Escuela Superior de Artes y Espectáculos TAI en la ciudad de Madrid, España, en donde dirigió El Espacio Vacío, cortometraje realizado en Alta Definición y terminado en 35 mm.
A su regreso a México, Juan Pablo Arroyo realizó Alias, documental que aborda el atentado que sufrió la ex secretaria de seguridad pública del Estado de Michoacán, Minerva Bautista, en el año 2010.
En el año 2015 dirigió su primer largometraje de ficción, Día Seis, en el cual se muestra la condición humana desde un ángulo intimista y personal.

Filmografía:
Muodunmuutos (1999),The Swing (1999),Mountauk (2000),Entre-Vistas: 5 Documentales de Artistas Mexicanos (2001),Dumui (2002),Formación creativa en torno al Butoh Ritual Mexicano (2003),Tríptico en concierto (2005),The paths to violence in order to mantain the power (2006), Una nación se desangra (2006), El coyotito (2007), Clandestino (2008),Realidad/Ficción (2009), El espacio vacío (2009), Días Buenos, Días Malos (2010), Alias (2013), Día Seis (2016)